Da Redação do Blog — Durante a campanha para a eleição presidencial de 1989 — a primeira realizada pelo voto direto após um intervalo de 29 anos —, Joaquim Francisco retirou seu apoio ao candidato do PFL, Aureliano Chaves, apoiando entusiasticamente o ex-governador de Alagoas, Fernando Collor de Melo, candidato do Partido da Reconstrução Nacional (PRN). No seu ponto de vista, naquele momento Collor representava a restauração dos princípios éticos e morais da administração pública, que haviam sido abandonados pelo presidente José Sarney.
Contando com o apoio explícito do presidente Collor, Joaquim Francisco desincompatibilizou-se do cargo de prefeito para concorrer ao governo pernambucano no pleito de outubro de 1990, na legenda do PFL. Vencendo as eleições no primeiro turno, com 1.238.061 votos, assumiu o cargo em janeiro do ano seguinte.
No entanto, em agosto de 1992, à medida que se avolumaram as suspeitas de envolvimento de Fernando Collor com o esquema de corrupção e tráfico de influência liderado pelo seu ex-tesoureiro Paulo César Farias, no decorrer das investigações da chamada “CPI do PC”, Joaquim Francisco rompeu politicamente com o presidente, pedindo a sua renúncia e tendo afirmado: “A história não perdoa aqueles que se afastam da linha ética de conduta.”
Assim, Joaquim Francisco se tornou o primeiro Governador a romper com o presidente. Essa postura provocou um distanciamento entre o governador pernambucano e o PFL, que naquele momento servia de base de sustentação ao governo. No mês seguinte, tornando-se um defensor inflamado do impeachment de Fernando Collor, Joaquim Francisco manifestou seu apoio ao vice-presidente Itamar Franco.
